神田上水素堀（しらぼり）にちなむ。『文京区史』に「我国最古の上水路が通っていた地区なので水道と称する」とある。素堀跡は巻石通りとなっている。

水道町は明暦二年（１６５６）起立の金杉水道町。明治２年小石川水道町起立。同５年小石川水道端。同１１年「郡区町村編制法」により小石川区に所属。同４４年「市制町村制改正」によりそれぞれ小石川の冠称を外して水道町・水道端１～２丁目となった。昭和２２年文京区に所属、同３９年８月１日年新住居表示により西古川町・江戸川町・武島町・水道端１丁目の各一部をあわせた町域を現行の「水道１丁目」とし、同４１年水道端１～２丁目・武島町・西江戸川町・小日向水道町の各一部をあわせた町域を現行の「水道」とした。

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